Được gọi là Hòn Mun vì phía Đông Nam của đảo có những mỏm đá nhô cao, vách dựng hiểm trở tạo thành hang động, đặc biệt đá ở đây đen tuyền như gỗ mun, rất hiếm thấy ở những nơi khác.
Hòn Mun là một trong những hòn đảo thơ mộng nhất trong hệ thống đảo của Nha Trang. Hòn Mun cách cảng Cầu Đá 10 km (khoảng 45 phút đi tàu). Không chỉ hấp dẫn bởi cát trắng, biển xanh, những tổ yến hoang sơ trên cheo leo vách đá… nơi đây còn nổi tiếng là một trong những "thủy cung" "giàu và đẹp" nhất của biển Đông Nam Á. Nơi đây còn nổi tiếng có nhiều dịch vụ biển và khám phá biển bằng tàu đáy kính và dịch vụ lặn biển.
Tổng diện tích của toàn bộ khu bảo tồn là 160 km2, trong đó 122 km2 là diện tích mặt biển, 38 km2 là tổng diện tích của các hòn đảo. Hòn Mun với rạn san hô và hệ sinh vật biển đa dạng, phong phú là khu bảo tồn biển đầu tiên và duy nhất của Việt Nam hiện nay, đã được Quỹ Ðộng vật hoang dã thế giới (WWF) đánh giá là khu vực đa dạng sinh học biển bậc nhất ở Việt Nam, đặc biệt rất phong phú về san hô, hiện tại đã phát hiện được khoảng 350 loài.
Hệ sinh thái động, thực vật biển ở đây vô cùng phong phú. Theo thống kê trên thế giới có khoảng 2.000 loài san hô và sinh vật biển thì ở Hòn Mun đã có tới 1.500 loài.
Ở Hòn Mun, san hô nằm ở độ sâu 10m, cùng với rất nhiều loại cá đủ mà sắc và chủng loại. Với độ sâu dưới 18 m, thì không còn cảnh đẹp của san hô, nhưng có rất nhiều hang động. Có những hang sâu 10–15 m, phải dùng đèn để quan sát những sinh vật biển chuyên sống trong bóng tối như tôm, mực, tôm hùm, cá đuối…
