Nằm cách bến Cầu Đá chừng 2km về phía Nam, đảo Trí Nguyên là hòn đảo trên vịnh Nha Trang gần với đất liền nhất. Nơi đây hiện diện khu du lịch Trí Nguyên (Thủy cung Trí Nguyên) thật ấn tượng với thế giới động thực vật biển vô cùng phong phú.
Thủy cung Trí Nguyên là một công trình kiến trúc độc đáo được thiết kế tựa hình chiếc tàu buồm cổ và có cấu trúc như thủy cung trong chuyện cổ tích. Công trình này được đầu tư xây dựng từ năm 1997 bởi Công ty Du lịch Khánh Hòa
Trong con tàu được chia thành các tầng. Tầng hầm sát với mực nước biển được trang trí theo dạng hang động với nhiều nhủ đá gồm 4 bể cá lớn và một số bể cá nhỏ, nơi hàng trăm loài sinh vật biển được giới thiệu trong môi trường gần với tự nhiên. Có những loài cá nếu không đến nơi đây sẽ không bao giờ được nhìn thấy và biết về chúng. Như cá ngựa là loài độc nhất vô nhị, con đực mang trứng và sinh con. Những con cá chép Nhật Bản với dáng quý phái, rồi cá chim Napoleon, cá Picasso…tất cả như một đại dương thu nhỏ.
Tầng 1 là nơi bán hàng lưu niệm. Tầng 2 là nhà hàng. Trên bong tàu vẫn còn hiện diện cột buồm và một khẩu súng thần công. Đứng từ vị trí bong tàu, du khách có thể phóng tầm mắt chiêm ngắm trời biển từ trên cao gió lộng, khách ưa mạo hiểm có thể theo các lối đi hẹp leo lên bên trong những cánh buồm tìm một vị trí quan sát thích hợp và riêng tư.
Không chỉ dừng lại ở đó, Khu du lịch Trí Nguyên tiếp tục được đầu tư để tạo ra sự mới mẻ khiến du khách không có cảm giác nhàm chán mỗi khi đến thăm. Những mô hình con tôm, cua, nấm khổng lồ (nặng 5 tấn, cao 7m) học tập ở nước ngoài đã và đang được xây dựng, tạo nên khung cảnh mới để lại ấn tượng cho du khách.
Bên ngoài Thủy cung, nhiều hồ cá hoặc lộ thiên hoặc trong nhà được bố trí giữa các lối đi được soi bóng bởi những cây sứ trắng, hoàng lan, phi lao hay những cây bàng lá tròn… tạo nên một khung cảnh hữu tình.